阿迦汗博物馆建造在一块面积为6.8公顷（16.8英亩）的场地内，该场地内还有另一座由Charles Correa设计的伊斯玛丽中心和Vladimir Djurovic设计的传统庭院。这些建筑物都坐落在一个小山丘上，这座小山丘在唐谷峡谷公园大道和埃格林顿大道的交叉口处，也就是在多伦多市中心以北两条交通流量很大的重要干道交汇处，地理位置非常明显。站在场地内就可以远眺到多伦多城市天际线的全景展开图。
Maki and Associates事务所完成了整个场地内的总体规划，两座建筑围绕一个100米宽的传统庭院组织，其设计灵感源自对伊斯兰庭院卡巴格宫的现代重译。该庭院是一片城市绿地，设置在该不规则起伏场地的中心位置处，同时还在庭院的周围形成了一座休闲式公园。伊斯玛利中心是为伊斯玛利社区服务的，集宗教、社交及精神寄托为一体的建筑，主体量面朝麦加，其朝圣的意味不言而喻。博物馆是一个面向公众开放的文化市政设施，它与伊斯玛利中心均规划在中央主轴线上，但分别设置在传统庭院的两侧，形成明显的对话关系。这两座建筑一个神圣，一个世俗，二者通过花园和景观设计进行统一，目的在于与贯穿于整片场地上的公园环境和谐统一。
线性布局的建筑面向太阳向北偏四十五度角，因此其所有的侧立面都可以浸沐在阳光下。该体量棱角分明， 形成一种内凹角形式的轮廓，这也是该两层建筑的自然表达方式。建筑立面以沙砾白色的巴西花岗岩为材料，与不断移动和变化的太阳光以及深长的阴影相互作用，整体效果类似于日晷仪。
阿迦汗博物馆是北美洲第一个以彰显伊斯兰教艺术和文化为主要内容的展览建筑，也是阿迦汗殿下，即伊斯玛丽穆斯林第四十九任世袭伊玛目继承者发起的项目。该项目想要促进穆斯林社会之间以及穆斯林社会与世界各地的其他文化之间的知识传播和文化理解。博物馆内设置有走廊、展览空间、教室、书籍阅览室、礼堂和餐厅，致力于展示伊斯兰文明对世界遗产在艺术、智慧发展和科学方面的贡献。它拥有对一千多件物品的永久展示权，其中包括有各种类型及艺术风格的旷世名作，价值连城，这些作品的时间跨度长达十个世纪，内容涉及人类历史和地理区域等题材。
博物馆的设计灵感来自于阿迦汗殿下对“光”的视觉陈述和特殊情节。“光”的概念一直是无数人获得心灵启发的信仰源泉，同时数十年间的历史中光一直被视作具有启蒙性的元素。阿迦汗希望这座建筑及其周围的空间能够被视作是一种对光线的崇敬以及对光线神秘感的赞颂，因为大自然和人类灵魂中每时每刻都有着光的身影。这一概念在伊斯兰文化和科学中都得到了特别验证。
在建筑内部，全玻璃面围合的庭院空间环绕着一层具有自由流动性的公共空间设置，以一种类似于大修道院的形式创建起博物馆的枢纽体系。走廊、展览空间、教室、阅览室、礼堂门厅、餐厅以及商店全都均质地分布在枢纽体系的四周，不划分任何空间等级。与庭院配套的中央公共空间灵活多用，可以开展各种活动，如表演、装置展出、公众集会和接待等。
庭院将会成为一处永久性的安静庇护所，其创造自己的内部世界，远离纷乱的外界环境。庭院玻璃墙印有双层的线性图案并形成间隙，创造出三维的立体效果，让人们联想到传统伊斯兰的贾利式幕墙。庭院里的光线不断在大修道院的幕墙和地板上投射出动态图案的阴影，使室内空间熠熠生辉。在二层空间上方设置有四个较大的开口，通过一个铸造的锌屏来俯瞰公共空间，其形式采用了一种具有现代感的伊斯兰凸窗元素，名为“穆沙拉比亚”。在走廊内，小六边形开口的大面积穿孔铝板天窗为展览区滤下柔和的自然光线。
该博物馆将以代表穆斯林社会的生活传统为主要展出内容，对外传播过去以及现在存在于伊斯兰教及其文明中的艺术和文化习俗。建筑、花园和公园都反映出阿迦汗与加拿大之间长期有效的关系以及他对国家致力于文化多样性的赞赏。
